A Magyar Vízügyi Múzeumot 1973-ban alapították az Országos Vízügyi Hivatal Vízügyi Dokumentációs és Továbbképző Irodájának részeként. 1989 óta – az 1987-ben megalakult Környezetvédelmi és Vízgazdálkodási Minisztérium által létrehozott Környezetgazdálkodási Intézet (KGI) fenntartásába kerülve – viseli a Magyar Környezetvédelmi és Vízügyi Múzeum nevet, gyűjtőköre is kibővült. Az országos gyűjtőkörű szakmúzeum fenntartója 2014. január elsejétől az Országos Vízügyi Főigazgatóság.
A múzeum besorolását tekintve országos gyűjtőkörű szakmúzeum. Gyűjti a magyar vízügy és vízgazdálkodás történetével kapcsolatos tárgyakat és dokumentumokat. A közel 150 000 darabot számláló gyűjtemény főként természettudományi, technikatörténeti, és történelmi anyagból áll, mely témáját tekintve Magyarországon egyedülállónak számít.
Főbb gyűjteményi egységei: Képeslapgyűjtemény, Műszaki dokumentációs tár, Okmány- és iratgyűjtemény, Érem és kisplasztika, Széchenyi-iratok, Tematikus gyűjtemény, Tárgyi gyűjtemény, Történeti képgyűjtemény, Történeti térképtár, Videótár, Hangtár.
Saját gyűjteményének gondozása mellett szakmai segítséget nyújt a területi vízügyi igazgatóságok által fenntartott vízügyi emlékhelyek, műszaki műemlékek és gyűjtemények nyilvántartásához, kezeléséhez, szakszerű működtetéséhez.
A gyűjtemény első állandó kiállítása 1980-ban nyílt meg "A Duna és a magyar vízgazdálkodás története" címmel Esztergom belvárosában, az egykori főkáptalan épületében. 1998-ban az épület restaurálása miatt a tárlatot lebontották.
A megújult belső terekbe tervezett, innovatív állandó kiállítás, "Víz-idő" címmel 2001 októberétől 2018 márciusáig fogadta a látogatókat.
2019 októberében egy nagyszabású átalakulás után új állandó kiállítás nyílt Vízeum címmel, amely bemutatja a vízgazdálkodás múltját, jelenét, a vízzel kapcsolatos innovációkat, szemlélteti a víz erejének felhasználását, feldolgozza a folyók szabályozását, bemutat hajózással kapcsolatos érdekességeket, foglalkozik többek között a fürdés történetével, a Balatonnal, ásványvizekkel és a szódavíz történetével is. A kiállítás 2020 októberében elnyerte az Év Kiállítása címet.
Az Év Múzeuma (2001) és a Családbarát Múzeum (2005) díjak mellett a Duna Múzeum 2003-ban elnyerte az Európai Múzeum Fórum (European Museum Forum) különdíját, 2008-ban pedig a Vendégbarát Múzeum díjat. Az óvodás és iskolás csoportok számára változatos múzeumpedagógiai programokat kínáló intézményben 2010-ben európai uniós támogatással új foglalkoztató helyiséget alakítottak ki, 2015 óta pedig a Látványtár is várja az érdeklődőket, hogy interaktív módon mutassa be számukra a múzeum páratlan gyűjteményét.
A Vízeum 2020-ban elnyerte az Év kiállítása címet.
2021-ben a múzeum - 2003 után másodszor is - megkapta az Európai Múzeum Fórum különdíját,
a "Museum of the Year Award - Special Commendation" elismerést.
A Duna Múzeum évente átlagosan 25.000 látogató számára kínálja a vízzel való találkozás, a vízről való játékos ismeretszerzés lehetőségét.