Az 1990. esztendőben Szokolya község úgy döntött, a munkába járók utazását autóbusszal szervezik meg.
Ennek következtében 1991. január 1-től a napi tizenhárom vonatpár ötre fogyott. Ez és az általános gazdasági válság együttesen vezetett oda, hogy az üzemeltető 1992 május 18-én rákényszerült a kisvasút leállítására. Ettől kezdve néhány évig üzemelés-szünetelés váltakozott a vasúton, attól függően, hogy sikerült-e a működtetésre támogatást szerezni.
Időközben szervezeti változások is lezajlottak. Az erdőgazdaság Ipoly Erdő Rt. néven üzemel tovább, a kisvasutat pedig eleinte a Börzsönyi Gyermekvasútért Alapítvány vette pártfogásába. Csak az erdei vasutak új állami támogatási rendszerének az 1990-es évek első felében történt kidolgozásával sikerült újra stabilizálni a vasút üzemeltetését, de ekkor már kizárólag túristaforgalmi céllal.
1992-ben a a Királyrét 11 jelű nyitott és két Dunakeszin gyártott zárt kocsit a Mátravasút vásárolt meg, és szállította el. Megfogyatkoztak az MK48-asok is. Az Mk48,2019-es a Szombathelyi Járműjavítóból felújítás után már nem érkezett vissza, az ausztriai Zillertalbahn vásárolta meg, majd 1994. szeptemberében a két poggyászteres kocsi és további öt személykocsi is ausztriai kisvasutakra került.
Érdekesség, hogy az 1995. évben a nagybörzsönyi vonal kis kétszakaszos kocsiját Paphegyre szállították felújításra, innen 1996-ban a Budapesti Közlekedési Múzeumba került, ma is ott látható.
Sok szűk esztendő után 2001-től ismét a fejlődés jellemezte a vasútüzemet. Tavasztól a korábbinál több vonat közlekedik a vonalon hétköznapokon is, az utolsó vonat pedig két órával később indul, ami örvendetes változást hozott az utasforgalomban is. 2002-ben a járművek állagvédelme érdekében kétvágányos, 48 m hosszú járműtároló csarnok épült Paphegy állomáson.
Mintegy 40 év szünet után ismét megjelent a kisvasúton a gőzvontatás.
Igaz, már nem gazdasági céllal, hanem nosztalgiavonatok továbbítására.
A gőzmozdony (490,2004) a romániai Szászváros (Orastie) fatelepéről érkezett, felújítása 2003-ban fejeződött be.
A gőzvontatás visszaállítása érdekében Kismaros és Paphegy állomásokon vízvételezési helyek is épültek.
forrás: kisvasut.hu