A Mosonmegyei Történelmi és Régészeti Egylet gyűjteménye először a magyaróvári városháza nagytermében, 1887-től pedig a vármegyeháza egyik földszinti helyiségében kapott helyet. Az új megyei székház felépítése után, 1892-ben a második emeleti nagyméretű, díszes teremben s a hozzá kapcsolódó kisebb helyiségben nyílt meg a kiállítás. Az egyre gyarapodó gyűjtemény számára azonban mindinkább szűkösnek bizonyult a meglévő két terem. Ezért a Történeti és Régészeti Egylet vezetői minden igyekezetükkel azon fáradoztak, hogy a múzeum végleges és megfelelő elhelyezésére megoldást találjanak.
Terveiknek sikerült megnyerniük Moson Vármegye közönségét, amely 1904. évi határozatával kimondta, hogy a múzeum részére külön épületet kell emelni. A 40.000 koronát kitevő építési költségek nagyobb részét a vármegye, míg a fennmaradó 10.000 koronát államsegélyből finanszírozták. A múzeum épületének tervezésével Hőnel Béla magyaróvári építészt bízta meg az Egylet. A korszak építészetét a historizmus uralta, amely eszköztárát a történeti stílusok formakészletéből merítette. Hőnel is e szellemben alkotott, s első terveiben a romantika korát idézte meg. A vármegye legjelentősebb középkori emléke, a lébényi templom is megihlette: 1904-ben készült tervén az apátsági templom kéttornyos homlokzatára ismerhetünk. A bíráló bizottság végül egy klasszicizáló, oszlopcsarnokos épület tervei mellett döntött, amely többszörösen átdolgozva, bővítve került kivitelezésre. Az építkezést a város által adományozott telken 1910 márciusában kezdték meg és 1912. október 1-re el is készült a Mosonvármegyei Múzeum épülete. A gyűjteményi anyagot a megyeházi helyiségekből a következő év tavaszán szállították át az új, tágas, önálló múzeumi épületbe.