A Somogy megyei múzeumi szervezet jogelődje 1909-ben alakult meg „Somogymegyei Muzeum Egyesület” néven. A már korábban kiállításon is bemutatott gyűjteményeit a Vallás-és Közoktatásügyi miniszter 1936-ban nyilvánította közgyűjteménnyé. A két világháborút átvészelt muzeális anyag nagysága 1948-ban már meghaladta a 12 ezer darabot. 1949-től viseli a „Somogy Megyei Múzeum” nevet, ekkor gyűjteményei állami tulajdonba kerültek. 1951-ben Bernáth Aurél nyitotta meg az első, a kor színvonalán álló állandó kiállítást. 1961-ben a múzeum, megyei szervezetként, a megyei tanács irányítása alá került, neve ezért „Somogy Megyei Múzeumok Igazgatósága – Rippl-Rónai Múzeum” lett. Ekkor a megyei múzeumi szervezetnek hat vidéki kiállítóhelye volt. 1973-ban indult el a munkáját bemutató szakmai folyóirat, a Somogyi Múzeumok Közleményei. Hálózata tovább bővült, 1977-ben a múzeumi szervezet már 39 múzeumi egységből állt. 1991–1993 között a somogyi városokban lévő helytörténeti múzeumok önálló múzeumi intézményekké váltak.
A nagyfokú hálózatépítés után a ’90-es években a minőségi kulturális szolgáltatásokra és a fenntarthatóságra helyeződött át a hangsúly, és a hálózat fokozatos karcsúsítása következményeként a Somogy Megyei Múzeumok Igazgatóságának szervezete 2012-ig 12 egységből állt.A 2007-es intézményösszevonás eredményeként átvette a Somogy Megyei Művelődési Központ feladatkörét. A kaposvári székhelyű intézmény 2011-ben részben kiköltözött addigi központi épületéből. Szolgáltatásai jelenleg két telephelyen érhetők el.
Kiállításai, a régészeti és képzőművészeti osztály, a könyvgyűjtemény a régi központi épületben (Kaposvár Fő u. 10.) maradtak, az igazgatóság az adminisztrációval, valamint a többi szakmai osztállyal (néprajz, természettudomány, történettudomány, restaurátorok) Kaposvár, Fő u. 101. számú épületben kaptak helyet.A múzeumi rendszer reformja keretében 2012-ben többször váltottak fenntartót a megyei múzeumok. Az Országgyűlés őszi döntése alapján 2013. január 1-től megszűntek a megyei múzeumigazgatóságok. Addigi tagintézményeik pedig – néhány kivételtől eltekintve – a helyi önkormányzatok fenntartásában működnek tovább. E rendszerben kiemelt szerep jut a megyeszékhelyi múzeumoknak, amelyek települési feladataik mellett megyei hatókörű múzeumként jelentős állami – régészeti, szakmai, módszertani – feladatokat is ellátnak. Somogyban ezt a küldetést a megszűnő Somogy Megyei Múzeumok Igazgatósága (SMMI) jogutódjaként a kaposvári Rippl-Rónai Megyei Hatókörű Városi Múzeum (Rippl-Rónai Múzeum) folytatja.