A református egyház által 1874-ben alapított gimnáziumi régiségtárból jött létre. A II. világháború ideje alatt súlyos veszteség érte. 1951-ben felvette a halasi születésű festő, Thorma János nevét. Az 50-es évek elején költözött az 1887-ben épült eklektikus polgárházba, az ún. Kolozsvári-Kiss házba. Jelenleg itt látható a város történelmét és néprajzát bemutató gyűjtemény. Szintén itt kapott helyet a kiskunhalasi járás távoli múltjáról készült régészeti tárlat. A legérdekesebb látnivalói: a csólyospálosi avar üveg ivókürt és a balotai honfoglalás-kori arany sírlelet. A múzeum két ízben is bővült a közelmúltban. 2011-ben került kialakításra a népművészeti kerámia és bútor látványraktár. A 2017-ben átadott új szárny pedig két művészeti kiállításnak ad otthont. A Thorma Galériában kiállított 45 Thorma János festmény között látható a hatalmas Aradi vértanúk és a Talpra magyar! is. A Bay Gyűjtemény pedig az ország legnagyobb Nagybánya művészetét bemutató kiállításként várja a látogatókat. A múzeum tárgyainak és tételeinek száma több mit százezer.