Az új zsinagógát és közösségi székházat egy 1897-es pályázat alapján Baumhorn Lipót tervezhette meg. Az építő munka 1900. augusztusában indult és 1902. októberére fejeződött be. A zsinagóga legszebb része a kupolabelső, amely a világot szimbolizálja. A négy márványoszlop feletti négy héber szó: a tóra, a tanulás és a jótékonyság gyakorlását jelenti, ami a zsidó vallás tanítása szerint az erkölcsi világot meghatározó tényezők.
Az 1990-es évek elején alakult az Alapítvány a Szegedi Zsinagógáért, (alapító: Váradi F. Péter) amely teljes erőbedobással igyekszik segíteni a hitközséget a zsinagóga fenntartásában és megőrzésében jótékonysági rendezvények szervezésével és a turizmus élénkítésével. A közhasznú jogállású alapítvány üzemelteti jelenleg a zsinagógát, mely egész évben megtekinthető, csoportok számára magyar és angol nyelvű idegenvezetéssel. A májustól októberig tartó időszakban a zsinagógában hangversenyeket, orgonabemutatókat hallgathatnak az idelátogatók. Minden évben megrendezésre kerül a Szegedi Őszi Zsidó Kulturális Fesztivál, mely a zenei események mellett képzőművészeti, irodalmi, gasztronómiai rendezvényekkel színesíti a szeptember-októberi hónapokat.